什么是肿瘤基因检测？哪些肿瘤患者和家属需要做基因检测？

肿瘤的本质：基因病

肿瘤发生发展

什么是肿瘤基因检测？

肿瘤基因检测：指针对肿瘤细胞的DNA/RNA进行分析和测序的检测，并判断其是否具有靶向治疗和免疫治疗相关的变异位点及基因组指标状态，为患者匹配对应的靶向和免疫治疗方案。

基因检测价值-肿瘤患者

01 用药指导-初诊的肿瘤患者

以晚期 NSCLC 的一线治疗为例，靶向、免疫治疗和化疗三种方案中，优选适合的靶向和免疫治疗方案来延长无进展生存期，同时提高生存质量，但精准的治疗方案并不是人人可用，需要通过检测来选择。

02 用药指导-耐药的肿瘤患者

03 遗传风险评估-肿瘤患者

遗传性肿瘤是指肿瘤基因发生胚系变异后，能往后代传递而导致的相关家庭成员发病的肿瘤，约占肿瘤人群总数的5%～10%。

基因检测-患者家属

01 发现什么？

患者家属，往往是癌症高风险人群。有肺癌家族史者患肺癌的风险为无肺癌家族史者的1.85倍。

作为癌症高风险人群的癌症患者家属而言，提早采取疾病预防措施，进行肿瘤早筛十分重要。

遗传性肿瘤基因—导致患者生病的致癌基因突变可以遗传给家属，导致肿瘤患病风险较普通人陡然提升。

02 预防什么？

实践证明早筛是降低癌症发病率和死亡率的最有效的方法。早诊早治不仅花费相对更低，而且疗效好，可有效提高生存率。

提早进行遗传性肿瘤基因检测，确认是否携带致病胚系突变，提早预防高风险遗传性肿瘤的发生。

需要做基因检测的人群

01 肿瘤患者

初诊初治的实体瘤患者：如非小细胞肺癌、肠癌、乳腺癌、胃癌......

治疗耐药后，需要查找耐药原因和指导下一步治疗方案的患者

02 非肿瘤患者

部分有家族遗传史的健康人：卵巢癌、乳腺癌、肠癌、胃癌、肾癌、子宫内膜癌......

不同亚型的肺癌患者，用药机会不同

即使不同亚型肿瘤患者，基因检测指导的精准治疗获益机会不同，需要选择合适的患者

有这些特征的患者家属，通过基因检测可以进行疾病预防

（1）在同系家属中有3名及以上患有乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌、胃癌、胰腺癌、前列腺癌、子宫内膜癌、肾癌、胆管癌、黑色素瘤、小肠癌及尿路上皮癌等患者，特别是其确诊年龄≤50岁。

（2）肿瘤患者直系家属有一个或多个成员具有已知的致病的胚系突变。

（3）肿瘤患者直系亲属中同一人患多个原发性肿瘤。

（4）体检时发现与遗传性癌症相关的情况，如家族性腺瘤息肉病、胃肠道多发息肉等。

（5）近亲患有一些罕见肿瘤，比如：多发性内分泌瘤、多发性软骨肉瘤、甲状旁腺癌、视网膜母细胞瘤等。

组织样本类型---检测金标准

样本类型：新鲜组织/穿刺组织、FFPE切片/石蜡块/石蜡卷等；

样本特点：临床检测“金标准”、创伤性取样（部分患者不可及）、存在瘤间&瘤内异质性；

基因层面：所检测部位的突变信息，既包括肿瘤相关的体细胞突变，也报告个体自带的胚系突变信息；

蛋白层面：蛋白表达情况，如辅助病理诊断的相关指标，免疫治疗相关预测指标PD-L1蛋白表达。

血液样本类型---补充检测样本

体液样本类型

脑脊液：脑脊液cfDNA可以反映颅内转移灶独特的分子特征，突变检出率及突变频率均高于外周血cfDNA，切不劣于组织；

胸腹水：独特的样本类型，可以相对全面的反应疾病的突变情况；

口腔拭子、唾液：取样简单便携，可以用作遗传检测的样本类型。

特定疾病进展情况可以考虑独特的样本类型。

肿瘤基因检测样本如何选择？

01 新诊断的肿瘤患者：

优先选择组织样本，手术或活检的组织样本。近期组织标本 > 1-2年内的组织标本> 最新的血标本 > 2年以上的旧的组织标本

无法取得组织样本，晚期患者可以使用血液检测，血液检测结果组织检测同样可靠。

组织取不到，发病部位能取到胸水、腹水、脑脊液、心包积液等，可以用做基因检测。以上体液的检出率比血液高

02 复发的肿瘤患者：

优先组织样本，一定要遵循，哪里进展取哪里的组织。

组织取不到，发病部位能取到胸水、腹水、脑脊液、心包积液等，做检测要比血液样本检测好。

组织样本取不到、体液样本也没有，可以用血液做基因检测。

PCR方法——检测已知突变，无法检测未知变异

PCR方法检测的对象是DNA/RNA，针对已知突变，无法检测未知变异！

ARMS=等位基因特异性PCR + 荧光探针方法

ddPCR—基于单分子模板PCR扩增，进行核酸拷贝数精确定量的分析方法，万分之一检测下限

通过等位基因特异扩增选择性扩增目标序列，通过实时荧光PCR检测是否存在突变，以达到对基因突变检测的高特异性和高灵敏度。

NGS方法——覆盖范围广，检测全

NGS—高通量测序技术，对DNA/RNA进行大规模、多基因、多类型的检测

检测对象：DNA/RNA。

NGS方法可以一次对一份样本的上百万甚至数十亿个DNA进行同时分析，同时检测多基因的多种突变形式（点突变、插入/缺失、融合、拷贝数变异等），实现了高通量测序的目标。

NGS检测对比PCR检测

PCR 周期短、检测方便，所能覆盖的基因数及突变类型只能基本能够满足常规用药需求，适合病情特别危急的肿瘤患者。

NGS 通量高，全面覆盖重要基因的突变以及罕见突变，全面检测4种突变类型以及MSI、TMB等，但检测周期长，常规NGS检测费用相比PCR检测也略高一些，若病情不是非常紧急或经济不是特别困难的人群，则推荐考虑NGS。

NGS方法——并非所有的NGS都是相同的

在肿瘤检测中，NGS能检测哪些基因哪些突变依赖于检测所选择的panel：

全基因组检测的WGS，可以覆盖包括基因在内的基因组所有信息。

全外显子组检测的WES，覆盖了2万多个基因的外显子区域，约占整个基因组的1%-2%。

NGS Panel 检测，根据不同癌种的诊疗需求，挑选部分基因区域或者某些基因的位点进行小、中、大Panel的研发。

肿瘤NGS基因检测的套餐

通常来说，肿瘤NGS基因检测的套餐分为：大panel、中panel、小panel。

大panel 涵盖几百至上千个基因，包含TMB、MSI等免疫疗效指标；中panel覆盖100-200左右的基因突变，以及MSI免疫疗效指标；小panel仅检测几个或十几个靶点的突变。

01 大panel（300基因以上）

从治疗效果来看，大panel检测的基因范围更全面，全面指导患者靶向、免疫、化疗等治疗，提高患者吃靶向药和免疫药物的概率。

动辄万元以上，甚至2万。

02 中panel（100~200基因）

中Panel常覆盖常见的驱动基因靶点和重要的临床试验期靶点，进一步扩大患者靶向用药的范围，甚至扩展到免疫用药的机会。

价格9500-13000左右。

03 小panel（9~100基因）

初诊初治的肿瘤患者，需求仅是寻求获批靶向药物的治疗，可以选择小panel，一般涵盖了获批靶向药物的靶点。

价格6000~9000左右。

基因检测套餐如何选？

基本原则

如经济条件允许，组织检测，首选大panel做全面检测，避免PCR检测或小Panel阴性，需要再次检测但组织已经耗尽的情况。

如经济条件不允许，选择小panel，至少要包含瘤种指南推荐的所有基因，如肺癌指南推荐的11基因+PD-L1。

初次治疗 or 复发治疗?

初次治疗，非小细胞肺癌患者首选大panel, 可选择小panel，但需要覆盖所有一线靶向和免疫用药靶点。

复发治疗，需要用覆盖耐药原因突变位点的中、大panel，查找耐药原因，并匹配下一步的后线治疗方案。